Thỏ rừng Nhật Bản được tìm thấy trên các hòn đảo Honshu, Shikoku và Kyushu, đó là tất cả các hòn đảo chính của Nhật Bản ngoại trừ đảo Hokkaido, và chúng được phát hiện ở độ cao lên đến 2700 m. Đây là loài chủ yếu được tìm thấy ở vùng núi, vùng đồi núi. Nó cũng sinh sống ở rừng hoặc khu vực có đá lởm chởm. Do sự xâm lấn của con người, mặc dù, loài thỏ này đã phát triển mạnh trong và xung quanh môi trường đô thị, vì vậy mà nó đã trở thành một mối phiền toái trong một số nơi.

Bốn phân loài của loài thỏ này là:

• Lepus brachyurus angustidens
• Lepus brachyurus brachyurus
• Lepus brachyurus lyoni
• Lepus brachyurus okiensis